En circunstancias normales, los intestinos permiten que los nutrientes y los líquidos pasen desde los intestinos al cuerpo. La actividad normal de funcionamiento, sucede cuando la capa protectora en los intestinos está intacta y las microvellosidades que recubren el intestino delgado y las células caliciformes en el colon se encajan ajustadamente uno contra el otro. Estas vellosidades y células caliciformes son proyecciones como dedos diminutos, que aumentan la superficie de absorción.
El problema comienza cuando ocurre algo y se perturban estas proyecciones y se forman unos espacios entre ellos. Estos espacios permiten que las partículas más grandes de alimentos no digeridos, las toxinas y las grasas se filtren al interior del cuerpo. En este punto, el paciente sufrirá de intestino permeable. Si intestino permeable no se trata puede provocar una respuesta autoinmune en la forma de una de las enfermedades gastrointestinales.
En este momento se introducen al interior del organismo sustancias que, siendo tóxicas, contienen información de nuestro propio organismo. Es decir contienen la matricula que dice que me pertenece. Entonces el sistema inmune lucha contra estas sustancias y como tiene mi propia información, en el futuro no sabrá discernir entre las tóxicas y las células sanas, porque todas tienen esa matrícula. En este momento el sistema inmune alterado luchará contra mis propias células sanas.